Amal lahir di Ponorogo, Jawa Timur, pada 4 November 1949. Ia merupakan putra KH Imam Zarkasyi, salah satu pendiri Pondok Modern Darussalam Gontor. Sejak kecil, hidupnya tak terpisahkan dari dunia pendidikan pesantren.
Pendidikan dasarnya ditempuh di Sekolah Rakyat Desa Gontor hingga lulus pada 1963, lalu berlanjut ke SMP Muhammadiyah Jetis dan tamat pada 1965.
Ia kemudian masuk Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyyah (KMI) Gontor dan menyelesaikan pendidikan pada 1969. Sejak tahun itu pula, Amal mulai mengabdikan diri sebagai pengajar di lingkungan Pondok Modern Darussalam Gontor, mengikuti jejak pengabdian keluarga Zarkasyi.
Pendidikan tinggi strata pertama ditempuhnya di Institut Pendidikan Darussalam (IPD) Gontor dan lulus pada 1973 dengan gelar Sarjana Muda. Ia melanjutkan studi ke Fakultas Ushuluddin IAIN Sunan Ampel Surabaya dan meraih gelar sarjana dalam bidang Perbandingan Agama pada 1978.
Minat Amal pada filsafat dan teologi Islam membawanya ke Universitas Kairo, Mesir. Di Fakultas Darul Ulum, ia menyelesaikan studi magister Filsafat Islam pada 1987. Tesisnya, yang ditulis dalam bahasa Arab, mengkaji kecenderungan pemikiran Salafi dalam Islam Indonesia modern.
Pendidikan doktoralnya ditempuh di Universiti Malaya, Kuala Lumpur, dan diselesaikan pada 2006 dengan disertasi tentang konsep tauhid Ibn Taymiyyah serta pengaruhnya terhadap kurikulum akidah di Pondok Modern Darussalam Gontor.
Di bidang karier akademik, Amal memegang berbagai jabatan strategis. Ia pernah menjadi Dekan Fakultas Ushuluddin IPD Gontor pada periode 1988–2000.
Setelah IPD bertransformasi menjadi Institut Studi Islam Darussalam (ISID), Amal menjabat sebagai Pembantu Rektor III, kemudian Pembantu Rektor IV. Ia termasuk tokoh yang aktif mengawal perubahan ISID menjadi Universitas Darussalam Gontor (UNIDA).
Pada 2014, Amal dikukuhkan sebagai Guru Besar Ilmu Kalam dan secara bersamaan dipercaya menjadi rektor pertama UNIDA Gontor. Jabatan itu diembannya hingga 2020.
Pada masa kepemimpinannya, UNIDA berkembang pesat, termasuk pembukaan Fakultas Kedokteran yang kerap disebut sebagai salah satu capaian penting.
Setelah wafatnya Abdullah Syukri Zarkasyi dan Syamsul Hadi Abdan pada 2020, Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor menunjuk Amal Fathullah Zarkasyi sebagai pimpinan pondok. Amanah itu dijalankannya hingga akhir hayat.
Dalam pemikiran keislaman, Amal dikenal sebagai pembela posisi Ilmu Kalam sebagai benteng akidah. Ia menilai Ilmu Kalam berfungsi melindungi keimanan dari syubhat dan kebingungan, baik yang datang dari filsafat klasik maupun pemikiran modern.
Menurutnya, pendekatan historis semata terhadap akidah justru berpotensi meruntuhkan struktur keyakinan umat. Ia menawarkan penggunaan metode filosofis dan metode ilmiah dalam kerangka epistemologi Islam yang bebas dari skeptisisme, relativisme, dan sekularisme.
Selain Ilmu Kalam, Amal aktif mengembangkan sistem pendidikan mu’allimin, yakni integrasi kurikulum agama dan umum. Ia menjabat sebagai ketua umum Forum Komunikasi Pesantren Mu’adalah, yang menaungi pesantren-pesantren yang diakui negara berdasarkan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren.
Amal juga aktif dalam berbagai forum akademik internasional, mulai dari Malaysia, Yaman, Maroko, Bosnia, hingga Thailand. Ia menulis sejumlah karya tentang teologi, filsafat Islam, dan pemikiran Salafi, yang menjadi rujukan di lingkungan pendidikan Islam.
Kepergiannya menyisakan duka luas. Pimpinan Pusat Muhammadiyah melalui Haedar Nashir menyebut Amal sebagai tokoh pendidikan Islam yang berpikiran maju.
Din Syamsuddin mengenang dedikasinya dalam membangun pendidikan tinggi Islam. Sivitas akademika perguruan tinggi Islam di Indonesia juga menyampaikan belasungkawa.
Jenazah Amal dipulangkan ke Pondok Modern Darussalam Gontor pada hari yang sama. Setelah dishalatkan bersama santri dan masyarakat pondok, ia dimakamkan di kompleks pemakaman keluarga Gontor pada Ahad pagi, 4 Januari 2026.
Editor : Uways Alqadrie